Historie pohřebnictví a pohřbívání by vydala nejmíň na samostatný článek. Faktem je, že po nástupu křesťanství u nás nastala na dlouhou dobu éra pohřbívání do hrobů a spalováni byli pouze kacíři, lidé obvinění z čarodějnictví, vampýrismu a další „podezřelí“ jedinci. Toto období skončilo až počátkem dvacátého století kdy se pohřbívání žehem opět rozšířilo.
Hřbitovy se obvykle nacházely v okolí kostelů, což již během středověku začalo zvlášť v opevněných městech narážet na prostorový problém. Ten naši předkové často řešili tak, že postupně na hřbitov naváželi další a další vrstvy hlíny a pohřbívání probíhalo na patra. S nárůstem populace na konci středověku pak již nebylo možné hřbitovy dále rozšiřovat ani zvyšovat jejich terén. Jediným ve své době přijatelným řešením byla exhumace a hromadné uložení ostatků v okolí kostelů, v kaplích a kostnicích. K budování kostnic sice docházelo po celé období středověku, k velkému rozmachu ale došlo v 18. století, kdy se situace začala stávat neúnosnou a hřbitovy začaly být přemisťovány mimo uzavřenou část měst. Z tohoto období také pochází výzdoba kostnic vytvořená z uložených ostatků, která je známá například z kostnice v Sedlci u Kutné Hory.
Velice zajímavou historii má kostnice, která se nachází v podzemí kostela svatého Jakuba v Brně. Hřbitov, který se v okolí kostela nacházel, patřil k vůbec nejstarším ve městě. Při archeologických výzkumech zde byly nalezeny základy kostela pocházející z období před rokem 1228, tedy do doby před udělením královského městského práva (1243). Kostel samozřejmě od té doby několikrát změnil svoji podobu, ale hřbitov okolo něj plnil svou funkci až do roku 1784. Tehdy zde byl v souvislosti s rozsáhlými stavebními úpravami, ke kterým ve městě docházelo, snížen terén a ostatky byly přeneseny do kostnice vybudované na jižní straně chrámu.
V roce 2001 probíhal na Jakubském náměstí archeologický průzkum, při kterém byly pouhých 30 cm pod asfaltovým povrchem nalezeny hroby pocházející ze 13. – 16. století. Na severní straně kostela byl dokonce proveden plošný odkryv, který dlouhou dobu poutal pozornost návštěvníků města i samotných Brňanů. Během průzkumu byly nalezeny stopy dvou stavebních fází původního kostela svatého Jakuba, dětský hřbitov a fragmenty stavební hutě. Během tohoto i dalších archeologických průzkumů byly nalezeny i pozůstatky několika hřbitovních kaplí a další doklady o stavebním vývoji této části města. Prozatím poslední příležitost k nahlédnutí do historie byla v létě a na podzim roku 2007, kdy probíhala rekonstrukce tramvajového tělesa na ulici Rašínově.
Největším překvapením však byl nález kostnice na jižní straně kostela. V hloubce asi čtyř metrů narazila sonda na cihlovou zeď, po jejímž proražení se začaly vysypávat lidské kosti. Během průzkumu byly nalezeny dvě rozsáhlé komory vyplněné kostmi v celém objemu. Kosti byly pečlivě vyskládány po vrstvách tak, aby co nejlépe vyplnily celý prostor. Celkový rozsah kostnice se podařilo zjistit až po doslovném vytěžení kostí, které by dokázaly zaplnit skoro dva železniční vagóny. Po vyprázdnění části komor došlo k nálezu, který všem přítomným doslova vyrazil dech. Byla objeveny další tři komory zabírající celou šířku kostela (asi 25 m) kompletně vyplněné kostmi.
Po statickém zajištění části kostnice pod náměstím a její technické úpravě sem byly za pomoci studentů archeologie znovu uloženy vyzvednuté ostatky již s ohledem na možné zpřístupnění veřejnosti. Lebky a dlouhé kosti jsou vyskládány do pyramid vyplněných menšími kostmi. Drobné kosti a úlomky jsou pak uloženy pod podlahou komor. Podle odhadů se v kostnici nachází ostatky čtyřiceti až padesáti tisíc jedinců. Jedná se tedy o největší kostnici v Česku a druhou největší v Evropě hned po pařížských katakombách (250.000 jedinců). Navíc se jedná o jedinou známou kostnici na našem území, která se nachází v autentických prostorách, které byly přímo pro tyto účely vybudovány. Všechny ostatní naše kostnice byly nějakým způsobem přenesené, často z podzemí na povrch. To se týká i naší nejznámější, kutnohorské kostnice.
V současné době je kostnice přístupná technickým vstupem jen při mimořádných příležitostech. Vše totiž vázne na financích. Prozatím je zrekonstruována část nacházející se pod pozemky patřící městu Brnu. Komory pod kostelem svatého Jakuba jsou stále ve stavu, v jakém byly nalezeny. Statutární město Brno se společně s Farností u kostela sv. Jakuba v Brně snaží získat prostředky na opravu a zpřístupnění kostnice z Regionálního operačního programu EU. Pokud se to podaří, mohli by první návštěvníci mít možnost prohlédnout si kostnici již na přelomu let 2008 a 2009. Součástí expozice by měly být i dochované náhrobní kameny ze hřbitova, který se nacházel v okolí kostela svatého Jakuba. Prostory by měly být upraveny tak, aby zde vzniklo i místo, které by mohlo sloužit jako kaple pro příležitostné konání zádušních mší. V brzké době by také měl být zpřístupněn labyrint sklepů pod Zelným trhem a sklepení domu mincmistrů pod Dominikánským náměstím.
